A Felsőoktatási Dolgozók Szakszervezete, az FDSZ a felsőoktatás területén munkát vállalók, így az Óbudai Egyetemen oktatók, dolgozók érdekképviseletét látja el. Az Óbudai Egyetem vezetése együttműködik a Felsőoktatási Dolgozók Szakszervezetének egyetemi szervezetével. A Szakszervezet érdekképviseleti tevékenységét az egyetem vezetése segíti az ehhez szükséges információk biztosításával, az észrevételekre, javaslatokra vonatkozó álláspontját és ennek indokait közli a Bizottsággal.