A Belső Ellenőrzés a kancellárnak közvetlenül alárendelten, funkcionálisan függetlenül, a belső ellenőrzési vezető irányításával vizsgálja és értékeli az Egyetem belső kontrollrendszerének működését, a rendelkezésre álló erőforrásokkal való gazdálkodást. A vizsgálatok kiterjednek az Egyetem minden szervezeti egységére és tevékenységére.