Az Egyetem első számú felelős vezetője és képviselője a rektor, aki eljár és dönt mindazokban az ügyekben, amelyeket jogszabály, a szervezeti és működési szabályzat, a kollektív szerződés nem utal más személy vagy testület hatáskörébe.
Az Óbudai Egyetem rektora Prof. Dr. Réger Mihály.
A rektor felelős a felsőoktatási intézmény alaptevékenységnek megfelelő működéséért, ennek keretében gyakorolja az oktatói, kutatói, illetve tanári munkakörben foglalkoztatottak felett a munkáltatói jogokat. A rektor feladat- és hatáskörébe tartozik az Egyetemen folyó képzési és tudományos kutatási tevékenység irányítása, a kiadmányozási jogkör gyakorlása, a bérfejlesztési és jutalmazási keretek egyetemi szintű elosztása a kancellár előzetes egyetértésével. Ellátja az Egyetem hazai és külföldi képviseletét, felügyeli az egyetem által szervezett nemzetközi konferenciákat. Kapcsolatot tart a Hallgatói Önkormányzattal, az egyetem érdekképviseleti szerveivel. Irányítja az Egyetemi Kutató és Innovációs Központ tevékenységét. Koordinálja a doktori iskolák létesítésével és működtetésével kapcsolatos feladatokat.
Az Óbudai Egyetem rektora feladat- és hatáskörét részletesen az Óbudai Egyetem Szervezeti és Működési Szabályzat 1. melléklete, a Szervezeti és Működési Rend tartalmazza.
A rektor szabályzatban meghatározott jogköreit esetenként vagy az ügyek meghatározott körében helyettesére, vagy az Egyetem más magasabb vezető, vagy vezető beosztású alkalmazottjára átruházhatja. Az átruházott hatáskör gyakorlója a hatáskört nem adhatja tovább.